Haruka Nanase gosta de água e de nadar. No ensino fundamental, ele competiu e venceu uma corrida de revezamento com seus três amigos Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki e Makoto Tachibana. Depois de reivindicar a vitória no torneio, os quatro amigos seguiram caminhos separados. Anos depois, eles se reúnem como estudantes do ensino médio; no entanto, Rin não se importava em voltar ao modo como as coisas costumavam ser. Não apenas ele frequenta uma escola diferente, mas a única coisa importante para ele é provar que ele é um nadador melhor que Haruka. Após a amarga reunião, Haruka, Nagisa e Makoto decidem formar o Clube de Natação da Iwatobi High School, mas precisarão de um quarto membro se esperarem participar do próximo torneio. Entra Rei Ryuugazaki, um ex-membro da equipe de pista que Nagisa recruta. À medida que o tempo para competir se aproxima, os quatro desenvolvem um vínculo estreito enquanto treinam intensamente para chegar ao topo e resolver as coisas entre Haruka e Rin de uma vez por todas.