Lost Song conta as histórias do alegre Rin e do reservado Finis, duas cantoras capazes de tocar canções mágicas. Rin cresceu em uma vila remota com sua família e foi ensinada a manter seu poder em segredo, enquanto Finis vive e se apresenta no palácio real. A vida feliz e pacífica de Rin é destruída depois que ela salva um cavaleiro ferido chamado Henry Leobort com sua canção de cura. Ela foi vista por soldados que começaram a atacar sua vila na esperança de capturá-la. Sem ter para onde ir, ela e seu irmão inventor Al começam uma jornada para a capital. Finis se apaixona por Henry e, sabendo que o preguiçoso e maldoso príncipe Lood Bernstein IV a deseja, deve esconder seu relacionamento. Ela quer ajudar as pessoas com suas músicas, mas com a guerra no horizonte, ela se preocupa que Lood a ordene a lançar sua mágica no campo de batalha. Somente o tempo dirá como o destino dela e o de Rin se cruzarão, enquanto os dois lutam para encontrar seus caminhos.