Em um futuro distante, a dependência da humanidade dos combustíveis fósseis levará ao seu esgotamento completo, uma crise de energia diferente de tudo o que o mundo testemunhou. Por retaliação e medo, a humanidade começou a se concentrar em uma fonte alternativa de energia: a energia solar. Diferentes nações se uniram para formar três facções principais - a União de Energia Solar e Nações Livres, a União Européia Avançada e a Liga da Reforma Humana. Cada um desses setores tem acesso a um gerador de energia solar, o que lhes dá energia ilimitada. Como resultado, os países que antes eram dependentes da venda de combustíveis fósseis estão agora mergulhados na pobreza, levando a anos de guerras e lutas internas pelo controle da energia solar. Em meio a esse caos, uma organização paramilitar desconhecida apareceu identificando-se como Ser Celestial, aspirando a acabar com todas as guerras por meio de intervenção armada usando misteriosos e tecnologicamente avançados Mobile Suits conhecidos como Gundams. Mobile Suit Gundam 00 segue a história de Gundam Meisters do Ser Celestial, Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism e Tieria Erde. Esses quatro mergulham na batalha devastadora entre as três superpotências para cumprir seu objetivo de mudar o mundo.