Em um novo dia na região de Kanto, Satoshi é convidado pelo Professor Yukinari Ookido para a cerimônia de inauguração do laboratório do Professor Sakuragi em Vermillion City. Durante o discurso cerimonial, o professor Sakuragi recebe um alerta de um Pokémon possivelmente raro aparecendo no porto de Vermillion City, levando Satoshi e os outros treinadores a correr para a área na esperança de encontrar o Pokémon misterioso. No porto, eles encontram Lugia - um Pokémon Lendário - em combate com outros treinadores. Percebendo as táticas dos outros treinadores, Satoshi faz seu parceiro, Pikachu, atacar Lugia com um ataque Thunderbolt. Imperturbável, Lugia foge, mas não antes que Satoshi pule com determinação em suas costas. Para a surpresa de Satoshi, ele conhece outro garoto, Gou, que pulou nas costas de Lugia também. Os dois cavalgam nas costas de Lugia enquanto isso os leva em uma aventura bizarra pelos mares. Enquanto os dois voltam ao solo, Satoshi e Gou se despedem de Lugia e retornam ao Instituto Sakuragi. Impressionado com as descobertas de Gou e o insight de Satoshi obtido durante o encontro, Sakuragi pede que a dupla seja seus novos parceiros de pesquisa. E assim a jornada da dupla começa, viajando por várias regiões para encontrar muitos novos Pokémon - incluindo aqueles que têm a capacidade de Gigantamax!
