O Império Alzano é o lar de uma das escolas de magia mais distintas do mundo: a Academia Imperial de Magia de Alzano. Aqui, jovens estudantes ambiciosos passam por treinamento para se tornarem magos competentes. Sistine Fibel, uma garota nobre e severa, e sua melhor amiga de olhos brilhantes, Rumia Tingel, freqüentam a Academia, determinadas a cultivar suas habilidades mágicas. No entanto, o mundo deles é interrompido quando seu professor favorito se aposenta de repente e o enigmático Glenn Radars o substitui. Sua atitude preguiçosa e indiferente em relação à vida e à magia rapidamente o coloca em desacordo com sua classe. Além do mais, forças nefastas escondidas dentro das muralhas do império começam a se tornar ativas, e Sistine, Rumia e Glenn se vêem envolvidas em seus planos. Rokudenashi Majutsu Koushi, da Akashic Records, segue Sistine, que é cativada por um misterioso Sky Castle flutuante; Rumia, que é assombrada por um passado conturbado; e Glenn, que pode ser mais do que aparenta. Embora completamente diferentes na superfície, eles são inexplicavelmente unidos por um fio do destino.