Era uma vez um vampiro conhecido como Vanitas, odiado por sua própria espécie por ter nascido sob uma lua cheia azul, já que a maioria surge na noite de uma lua vermelha. Com medo e sozinho, ele criou o Livro de Vanitas, um grimório amaldiçoado que um dia se vingaria de todos os vampiros; é assim que a história vai, pelo menos. Vanitas no Karte segue Noé, um jovem viajando a bordo de uma aeronave na Paris do século 19 com um objetivo em mente: encontrar o Livro de Vanitas. Um ataque repentino de vampiro o leva a conhecer a enigmática Vanitas, uma médica que se especializou em vampiros e, para a surpresa de Noé, um humano completamente comum. O misterioso médico herdou o nome e o texto infame dos Vanitas da lenda, usando o grimório para curar seus pacientes. Mas por trás de sua atitude gentil está algo um pouco mais sinistro ...